Blog du Pr Rabah AIT-HAMOUDA

Il y aura du bon et du positif avec Omicron. J’espère ne pas me tromper. Un nouveau variant du SRAS-Cov2 vient d’être identifié en Afrique du Sud alors que le Delta n’a pas fini sa progression. Ce variant a été mis en évidence dans la province de Gauteng en Afrique du Sud où il a été observé une recrudescence de cas cliniques de COVID-19 avec des PCR quelque fois négatives. L’Afrique du Sud compte la plus grande épidémie de VIH au monde avec 7.7 millions de PVVIH. Dès le départ de la pandémie il n’a pas été observé de particularité en termes de susceptibilité ou d’expression clinique ou de gravité particulières chez PVVIH. Certains ont même émis l’hypothèse d’une protection de ces personnes par les ARV, d’où l’idée au départ d’en proposer certains d’entre-eux comme arme pour le SRAS-Cov2. Il a été démontré que les PVVIH ont une clearance du SRAS-Cov2 très longue allant jusqu’à 210 jours (07 mois) documentée par des PCR. Ceci fait de ces patients des incubateurs de variations ou de mutations pour d’autres virus à grande capacité de changements.

Ce nouveau variant, Omicron cumule des mutations qui proviendraient du VIH et des coronavirus humains endémiques comme le HCov-E229. La COVID-19 est un cas d’école en termes de réussite émergentielle mettant à l’épreuve ou à nu les systèmes de santé des plus faibles aux plus performants avec des impacts sanitaires, économiques, sociétaux, psycho-affectifs etc.) lourdement ressentis et à la longue difficilement acceptables. La dynamique des émergences nécessite trois éléments fondamentaux : l’agent pathogène et sa capacité à s’adapter, l’environnement de genèse et de diffusion et l’hôte. La réussite émergentielle d’un virus passe également par trois étapes et dans chaque étape, réussira le virus qui a la plus grande capacité de s’adapter par des variations, des mutations ou des recombinaisons. Le but final est la pérennisation dans la nouvelle espèce conquise. Il en est ainsi du virus de la rougeole provenant des bovins, du VIH provenant du singe et bientôt du SRAS-Cov2 provenant des chéiroptères. Nous vivons en direct ces étapes de réussite.

1. L’introduction du virus par franchissement de la barrière inter-espèces souvent après plusieurs tentatives d’agencement structuraux et d’améliorations successives de la clé d’entrée.
2. La diffusion dans la population directement liée au mode de transmission. Plus la population est vierge, plus la transmission est facile, plus la circulation et la diffusion est aisée. La globalisation est directement liée aux mouvements et voyages des populations.
3. La pérennisation dans la nouvelle espèce conquise est le but final constituant la réussite émergentielle. Le SRAS-Cov2 est en phase de diffusion et finira par devenir pérenne. On comprend aisément que plus le virus a des capacités de muter, de varier, de se recombiner,  plus il a de chance de pérenniser dans la nouvelle espèce conquise. Ces capacités sont le fait classique des virus à ARN. La possibilité d’infecter plusieurs espèces constitue un avantage supplémentaire en devenant des mixeurs de virus; il en est ainsi du porc pour les virus grippaux, et récemment des visons pour le SRAS-cov2 documenté par Raoult. D’autres réservoirs sauvages sont à l’étude comme les cerfs de Virginie et autres. Le SRAS-cov2 a une grande capacité de variations et chaque variant qui apparait cumule de changements pour être plus contagieux et ou plus mortifère. Ceux qui ne peuvent pas aboutissent à un échec et finissent par se taire. C’est comme cela que les épidémies de certains variants s’estompent (Alfa, Beta, Gamma, Mu, Marseille4 etc.) aux dépens d’un nouveau plus adaptés, plus ‘’intelligent’’, dixit Raoult. Omicron arrive, il cumule plus de trente mutations le rendant encore plus transmissible que Delta qui lui-même a supplanté ses précédents cousins.

Alors deux scenarios sont possibles avec ce variant recombiné et plus transmissible que les précédents :

1. Le virus provoque un taux de mortalité élevé, nous allons encore payer le prix en attendant l’arrivée d’un plus gentil
2. Le virus ne provoque que des formes asymptomatiques voire bénignes, tant mieux. De par sa plus grande transmissibilité, il va supplanter le Delta et autres. Le SRAS-Cov2 aura trouvé la bonne combinaison structurale qui lui permettra de devenir pérenne et rejoindre les autres Human-Cov endémiques ; il en sera le cinquième.

Ce qui a été observé à ce jour, c’est que ce variant est plus contagieux mais on n’a pas encore d’idée sur la gravité. Aujourd’hui, finit une étude à Gauteng, épicentre de l’épidémie ; nous saurons dans peu de temps qu’en est-il de la gravité. C’est le point positif et bon que nous apportera, j’espère l’émergence de ce variant. Priez avec moi que ce soit le début d’une fin. Le SRAS-cov2 aura réussi son émergence.